Статья о UGENE была опубликована в журнале Bioinformatics.

Чтобы процитировать UGENE в своих работах укажите: Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit Konstantin Okonechnikov; Olga Golosova; Mikhail Fursov; the UGENE team Bioinformatics 2012 28: 1166-1167 Чтобы посмотреть аннотацию к статье онлайн используйте следующую ссылку.

Это патч релиз который содержит исправления для ряда замечаний пользователей и ряд незначительных графических улучшений

Полный список изменений доступен здесь

На этой странице вы можете загрузить последнюю версию UGENE.

Не забывайте изредка просматривать обновления обучающего видео Unipro UGENE на YouTube, и следите за нами на Twitter!

Это патч релиз который содержит исправления для ряда замечаний пользователей и ряд незначительных графических улучшений

Полный список изменений доступен здесь

Это патч релиз который содержит исправления для ряда замечаний пользователей и ряд незначительных графических улучшений

Полный список изменений доступен здесь

Это патч релиз который содержит исправления для ряда замечаний пользователей и ряд незначительных графических улучшений

Полный список изменений доступен здесь

1.10 - это важный UGENE релиз который добавляет в пакет целый ряд новых возможностей и инструментов, улучшает общую скорость, стабильность и удобство работы с программой.

Короткий список улучшений:

• Новые инструменты: MrBayes, BWA (все платформы), обновление Bowtie и BLAST инструментов
• Short reads assembly viewer: возросшая производительность и новые варианты раскраски short-reads
• Работа с большими объемами данных: загружайте, смотрите и редактируйте файлы большого размера на обычном компьютере
• Дизайнер схем: новые элементы для фильтрации результатов
• Sequence viewer: новые графики: DNA flexibility и GC Frame Plot
• All in one package: UGENE, документация и внешние инструменты теперь доступны для загрузки и установки в одном файле!

Полный список изменений доступен здесь

Новый релиз нацелен на улучшение стабильности и надежности UGENE. Данный релиз не добавляет новых возможностей, однако исправляет ряд критических ошибок.

Были решены следующие проблемы:

• Улучшена поддержка форматов BAM и GFF
• Поиск ORF элементов теперь правильно работает на границах круговых ДНК
• Исправлены падения при запуске PsiPred и экспорте ассемблерных сборок

Полный список изменений можно найти в нашем баг-трэкере.

Выпущен новый патч релиз для ветки UGENE 1.9. Данный релиз не добавляет новых возможностей, но содержит ряд исправлений и улучшений по сравнению с предыдущей версией

Полный список изменений можно найти в нашем баг-трэкере.


23 Августа, 2011: Выпущен UGENE 1.9.6

Новый релиз нацелен на улучшение стабильности и надежности UGENE. Данный релиз не добавляет новых возможностей, однако исправляет ряд критических ошибок.

Были решены следующие проблемы:

• Восстановлена связь между аннотациями и последовательностями для файлов проектов
• Обозреватель Сборок больше не зависает при загрузке результатов выравнивания
• Комплементарные последовательности из результатов работы CAP3 отображаются теперь корректно
• MultiFASTA файлы могут быть слиты в одну последотвальности при открытии

Полный список изменений можно найти в нашем баг-трэкере.


27 Июля, 2011: UGENE на BOSC-2011

15 июля проект UGENE был представлен на ежегодной конференции BOSC, посвященной свободному бионформатическому программному обеспечению. Благодаря стараниям организации Open Bioinformatics Foundation каждый год BOSC собирает лучших специалистов в области для обсуждения существующих и новых проектов. В этом году BOSC проходила в рамках ISMB/ECCB 2011 в городе Вена, Австрия.

С устным докладом о UGENE выступал Константин Оконечников. На фотографии ниже можно увидеть его в компании разработчиков других популярных open-source проектов в области биоинформатики.


Слева направо: James B.Procter(JalView), Peter Cock(Biopython), Konstantin Okonechnikov(UGENE), Peter Troshin (JABAWS).

Материалы конференции BOSC-2011 на английском языке можно скачать отсюда.

Начиная с текущего релиза изменяется процесс выпуска новых версий UGENE.

С сегодняшнего дня мы будем выпускать новую версию при исправлении критических ошибок. Такие релизы будут отмечаться третьей цифрой в номере версии.

Подробнее о новой системе версий можно почитать на англоязычном форуме.

Новый патч-релиз 1.9.5 исправляет ряд критических ошибок и может быть загружен отсюда.

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!

Встречайте новую версию интегрированных инструментов биолога! Релиз включает в себя новую функциональность и ряд критических исправлений.

Ниже перечислены основные новшества:

• Конструктор элементов для использования внешних инструментов в Дизайнере вычислительных схем. Доступна документация на английском языке.
• Сборка длинных ридов ДНК с помощью CAP3
• Улучшенное определение форматов данных
• Просмотрищк BAM файлов: улучшенный расчет покрытия, интеграция со встроеными программами выравнивания
• Экспорт данных NGS: конвертация BAM в SAM
• Новый модуль: расчет флексибильности последовательностей ДНК

Полный список изменений доступен по ссылке.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!


6 Июля, 2011: UGENE на конференции Illumina iDEA 2011

Как мы писали ранее, UGENE участвовал в конкурсе Illumina iDEA Challenge 2011. Конкурс был посвящен анализу и визуализации данных секвенирования полученных с помощью технологий Illumina для исследования раковых заболеваний. На это конкурсе мы представляли наше новое дополнение Обозреватель Сборок - удобный просмотрщик BAM файлов.

Финальная конференция Illumina iDEA 2011 проходила в Сан-Диего,США 14-15 июня 2011. В ходе конференции финалисты и приглашенные ученные выступали с докладами, посвященными будущему Next Generation Sequencing.

Член команды UGENE Михаил Фурсов представлял проект на этой конференции.


3 Июня, 2011: В НГУ прошла школа-семинар посвященная UGENE

Компания Унипро совместно с Новосибирским государственным университетом провела школу-семинар для биологов по использованию открытой вычислительной платформы UGENE. Школа проходила с 30 мая по 2 июня при поддержке гранта Федеральной целевой программы.

Двенадцать молодых ученых-биологов из 10 исследовательских институтов СО РАН и СО РАМН объединил интерес к открытому проекту UGENE, призванному облегчить вычислительную часть научной работы молекулярных биологов.

В рамках школы были затронуты различные аспекты использования методов биоинформатики: поиск гомологов в базах данных, построение множественного выравнивания, работа с данными NGS и многие другие. Одной из важных целей школы было знакомство слушателей с использованием высокопроизводительных вычислений в их работе. Ученые познакомились с основами использования дизайнера вычислительных схем и дизайнера запросов UGENE.

Материалы школы (руководство и обучающие сценарии на русском языке) доступны для скачивания по этой ссылке.


23 Мая, 2011: Выпущен UGENE 1.9.3

Главным новшеством релиза является редактор NGS данных - UGENE Assembly Browser, позволяющий визуализировать содержимое BAM-файлов. Редактор был протестирован на данных из 1000 Genomes project, Illumina iDEA Challenge и на данных из других источников. Подробное описание Assembly Browser на английском языке можно найти в руководстве пользователя UGENE.

Как обычно новая версия включает в себя множество улучшений и исправлений:

• Отображение последовательностей: добавлена возможность по управлению количеством отображаемых аннотаций
• Круговой вид ДНК: добавлен удобный элемент управления - карта рестрикционных сайтов
• Модуль Phylip: добалена поддержка bootstrap для филогенетических деревьев
• Визуализатор 3D моделей: добавлена поддержка структурного выравнивания
• Добавлена автоматическая подсветка открытых рамок считывания

Полный список изменений доступен в нашей системе отслеживания ошибок .

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!


7 Апреля, 2011: UGENE побеждает в конкурсе, посвященному GPU-вычислениям

Мы рады сообщить, что проект Unipro UGENE выиграл первый этап конкурса "Эффективное использование GPU-ускорителей при решении сложных задач". Конкурс проводится компанией Т-Платформы - ведущим поставщиком высокопроизводительных вычислительных систем в России и Европе.

Конкурс состоит из нескольких этапов. В рамках первого этапа участники должны были предоставить детальное описание проекта, связанного с GPU-вычислениями. Теперь победители первого этапа будут заниматься реализацией своих проектов. В рамках этого конкурса в UGENE войдет функционал для ассемблирования данных секвенирования с использованием мощностей GPU.


24 Марта, 2011: Выпущен UGENE 1.9.2

Новый релиз включает в себя исправления нескольких критических ошибок, а также новые возможности

• Улучшена производительность UGENE Genome Aligner
• Улучшения Дизайнера Вычислительных Схем:
  • Добавлены новые элементы: запись и слияние аннотаций
  • В поиска Смита-Ватермана добавлена поддержка файлов в формате FASTA в качестве поискового запроса
• Улучшения Конструктора Запросов:
  • Добален элемент HMM
  • Добавлена подержка конфигурации цепи ДНК (прямая или комплементарная) в запросах
• Добавлены вомзожности по автоматичской подвсветке ферментов рестрикции. Настроив поиск один раз, больше не надо запускать алгоритм для вновь откртых последовательностей - он будет выполняться автоматически.
• Исправлена ошибка с удаленными запросами к NCBI CDD
• Исправлена ошибка с экспортом проекта

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!


15 марта, 2011: Система отслеживания ошибок UGENE открыта для всех

UGENE делает еще один большой шаг с сторону свободного программного обеспечения - теперь процесс разработки открыт для всех желающих. Трэкер доступен по этому адресу.

Пользователи могут регистрироваться и подавать свои заявки и идеи в виде тикетов для команды разработчиков. Трэкер также позволяет следить за интересными проблемами и голосовать за добавление новых возможностей.

Мы используем Atlassian JIRA в качестве системы отслеживани ошибок, больше информации об этом трэкере можно найти здесь.


7 февраля, 2010: Выпущен UGENE 1.9.1

Новая версия включает ряд важных исправлений и направлена на повышение стабильности и надежности. Также добавлен ряд новых возможностей:

• Конструктор вычислительных схем: улучшен графическмй интерфейс для создания скриптов
• Конструктор запросов: добавлена поддержка выбора цепи ДНК при создании запросов
• Круговой вид ДНК: добавлена возможность масштабирования
• Клонирование "in silico": добавлена возможность редактировать концы фрагментов, аннотирование созданных фрагментов
• Добавлена поддержка нового формата: pDRAW

Полный список изменений доступен на соответствующей странице.

Теперь с нашего сайта можно скачать архив, содержащий все поддерживаемые UGENE внешние инструменты.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!


25 Декабря, 2010: Доступны промежуточные сборки

Отличная новость для тех, кому не терпится испытать новые возможности UGENE до наступления релиза! Теперь с нашего сайта доступны для скачивания регулярные промежуточные сборки.

Промежуточные сборки включают бинарные пакеты для ОС Windows и Linux, а также последнюю версию исходных кодов. Важное примечание: бинарная сборка для Windows доступна в виде ZIP-архива — установка не требуется, просто распакуйте архив в любую директорию и запустите исполняемый файл ugeneui.

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!


21 Декабря, 2010: UGENE выбран лучшим свободным проектом России

Сегодня мы рады сообщить, что проект Unipro UGENE занял первое место в конкурсе "Лучший свободный проект России". Конкурс проводится ежегодно журналом Linux Format при поддержке компаний Intel, PingWin Software, IBM developerWorks и ГНУ/Линуксцентр. В этом году в конкурсе было заявлено более 100 участников из России и стран СНГ.

Команда UGENE гордится этими результатами и выражает признательность всем нашим пользователям за помощь и поддержку! Без ваших предложений и идей проект не достиг бы таких успехов.

В следующем году мы планируем улучшить проект на 200% и выиграть еще больше наград :)


15 декабря, 2010: Выпущен UGENE 1.9.0

Встречайте новую версию интегрированных инструментов молекулярного биолога! Изначально мы планировали выпустить версию 1.8.1, но этот релиз включает столько новых возможностей, что мы решили присвоить этой версии порядковый номер 1.9.0.

Новые возможности:

• Поддержка клонирования in silico. Теперь используя UGENE можно моделировать эксперименты генной инженерии: автоматически разбивать последовательности на фрагменты и конструировать новые молекулы из заданных фрагментов.
• Новый инструмент: конструктор запросов. Этот инструмент позволяет анализировать и строить комплексные запросы. Алгоритмы в запросах согласуются с помощью наборов простых правил и логических выражений.
• Высокопроизводительные вычисления: поддержка OpenCL
• Конструктор вычислительных схем: новый легко-читаемый текстовый формат и язык описания схем
• Улучшения интерфейса: система всплывающих сообщений
• Поддержка внешних программ: BLAST+ и T-Coffee
• Редактор множественных выравниваний: трансляция нуклеотидного выравнивания в аминокислотное
• Удалённые базы данных: запрос последовательностей по квалификатору или аннотации

В эту версию также включено множество улучшений и исправлений. Полный список изменений доступен на соответствующей странице. Благодаря вашему участию UGENE становится всё лучше - большинство улучшений предложены нашими пользователями.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!


6 декабря, 2010: UGENE ищет рекомендации

Уважаемые пользователи!

В январе 2011 года наш проект будет принимать участие в конкурсе грантов поддержки
высокотехнологичных продуктов (ссылка). В случае победы, основным назначением
гранта станут наши главные направления разработки: сборка геномов, веб-сервис,
облачные вычисления.

Мы считаем, что лучшая основа для заявки — это положительный опыт наших пользователей, самая важная метрика качества и ценности любого ПО.

Мы просим всех, кто неравнодушен к нашему проекту об
использовании UGENE в виде рекомендательного письма. Ниже перечислены
пункты, которые было бы важно отметить:

• Как долго вы используете UGENE;
• Какие задачи решаются с его помощью;
• Причины использования UGENE;
• Отзывы об использовании;
• Ваши контакты: имя, электронный адрес, должность, отдел, организация, город, страна.

Спасибо за внимание,
Команда UGENE.


3 Ноября, 2010: Проект UGENE получает награду от Интел и РОСНАНО

В этом году проект Unipro UGENE принял участие в конкурсе "Невозможное становится возможным: реальные приложения для HPC", проводимом компаниями РОСНАНО и Интел. Главной целью конкурса было выявление лучших российских проектов в области высокопроизводительных вычислений.

В этом году в конкурсе участвовало около 100 проектов. Большая часть из них были очень мощными и перспективными, конкуренция была очень высокой. Проект UGENE занял почетное третье место.

Представитель команды UGENE Константин Оконечников получил награду на пресс-конференции, организованной компанией Интел в рамках форума Rusnanotech2010 в Москве.


21 Октября, 2010: Выпущен UGENE 1.8.0

Встречайте новую версию интегрированных инструментов молекулярного биолога! Релиз 1.8.0 включает новые уникальные возможности и улучшения, предложенные нашими пользователями.

Было решено сделать версию 1.8.0 максимально стабильной и надежной. В результате было исправлено более 100 ошибок и недочетов.

Новые возможности:

• Поддержка внешних программ: Blast;
• Поддержан новый формат: MEGA;
• Новая улучшенная система плагинов;
• Поддержка больших файлов( более 1 Гб) в сборке контигов.

Исправления ошибок и улучшения:

• Улучшения инструментов командой строки: подробная система справки и диагностика ошибок;
• Исправлены падения во время построения молекулярных поверхностей для больших макромолекул;
• Множественные улучшения Конструктора Вычислительных Схем;
• Улучшена обработка исключительных ситуаций.

В новой версии было решено отказаться от старой модели запуска удаленных заданий. Теперь все удаленные задачи выполняются только через сервис UGENE, использующий мощности Amazon EC2. Сервис готов к масштабному тестированию.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!


20 Августа, 2010: Выпущен UGENE 1.7.2

Команда разработчиков UGENE рада представить новый релиз под номером 1.7.2. В новой версии доблавлен ряд впечатляющих новых возможностей, исправлено множетство ошибок и сделано огромное количество улучшений.

Новые возможности:

• Запускайте Ваши вычислительные задачи на серверах Amazon EC2 с помощью UGENE! Новый релиз добавляет поддержку облачных вычислений. Ознакомиться с нововведениями можно на соответствующих страницах документации.
• Поддержка сторонних приложений: теперь в UGENE можно использовать инструменты множественного выравнивания Clustal and Mafft.
• Поддержка скриптинга для тонкой настройки сценариев Workflow Designer.
• Добавлена поддержка нового формата: Nexus
• Документация UGENE переработана и улучшена. Теперь руководство пользователя на английском языке доступно для печати в виде PDF файла.

Улучшения:

• Редактор множественного выравнивания: удаление столбцов с относительным числом пропусков;
• DotPlot: поиск обратных повтор, изменение масштаба, синхронизация с последовательностью;
• Переименование последовательностей, экспорт последовательностей с аннотациями;
• ... и многое другое.

Смотрите новый эпизод подкаста UGENE целиком посвященный новой версии: часть 1 и часть 2 .

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!


9 июля 2010: Выпущен UGENE 1.7.1

Релиз включает в себя один новый модуль и множество улучшений существующей функциональности:

• Визуальный анализ гомологов — модуль DotPlot .
• Поддержка формата SAM, а также импорт значений качества PHRED для последовательностей ДНК;
• Продвинутый анализ хроматограм: обратные и компмлементарные хроматограмы, синхронное отображение;
• Новые опции инструментов для сборки контигов: BowTie и UGENE Genome Aligner;
• Пакетный режим работы для анализа последовательностей, основанного на весовых матрицах;
• Новые сценарии для дизайнера вычислительных схем, еще больше возможностей для использования UGENE как утилиты командой строки.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!


2 Июня, 2010: Специальный выпуск UGENE подкаста

Смотрите специальный выпуск подкаста на канале Unipro UGENE!
Выпуск полностью посвящен новой версии 1.7.0.

Он состоит из двух эпизодов: первый и второй.
Освещаются следующие темы:

• Новые возможности Circluar View;
• Создание скриптов для задач распознования форматов;
• Сборка генома к референс-последовательности;
• Новые алгоритмы авто-аннотации.

Последнюю версию Unipro UGENE можно загрузить вот здесь.
Следите за нами на Твиттере!


19 мая 2010: Выпущен UGENE 1.7.0

В новый релиз включена долгожданная функциональность по сборке контигов. Начиная с этого релиза UGENE может осуществлять выравнивание коротких последовательностей на реферируемый геном. На данный момент доступны два метода выравнивания:

• Модуль Genome aligner, основанный на уникальной разработке;
• Портирован популярный открытый алгоритм Bowtie.

Сделано множество изменений в консольной версии UGENE. Теперь стало возможно использовать консольную версию UGENE в сложных скриптах shell или как отдельную утилиту. В поставке UGENE доступны заранее подготовленные полезные сценарии: выравнивание, конвертация, поиск повторов и.т.д. Подробнее об этом в разделе документации.

Другие новые возможности:

• Новый продвинутый алгоритм анализа последовательностей, основанный на весовых матрицах;
• Улучшения Circular view: увеличение, поворот и другие;
• Поддержка новых опций поиска в NCBI BLAST в переработанном модуле удалённых запросов.
• Лого выравниваний;
• Переработан просмотрщик деревьев: новый визуальный интерфейс и режимы отображения.
• Поддержка записи формата GFF;
• Добавлен скрипт фреймворк;
• и многое другое...

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!


2 Апреля, 2010: Специальный эпизод UGENE-подкастов

Не пропустите новый специальный эпизод серии UGENE подкастов.

Он полностью посвящен версии 1.6.2 и новым возможностям, добавленным в ней.

Раскрываются следующие темы:

• Отображение последовательностей в кольцевом режиме;
• Новые возможности редактора множественных выравниваний;
• Обратная трансляция белковых последовательностей;
• Запуск удаленных схем Workflow Designer;
• Создание пользовательских баз ферментов рестрикций;
• Импорт аннотаций из файлов формата CSV.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".


2 Апреля, 2010: UGENE на Твиттере

Следите за проектом Unipro UGENE на Твиттере!

Самые последние новости о проекте, текущий статус разработки, объявление новых подкастов и советы для наших пользователей.

Обновления гарантированы!


29 марта 2010: Выпущен UGENE 1.6.2

Команда UGENE с гордостью представляет очередной релиз - версию 1.6.2.

В этой версии увидят свет наиболее ожидаемые возможности: обратная трансляция белковых последовательностей и круговое изображение плазмид.

Пользователи ОС Linux могут воспользоваться новым универсальным инсталлятором, который не зависит от используемых менеджеров пакетов.

Новая функциональность и исправления:

• Новый модуль: Circular view;
• Модуль экспорта: добавлена функция обратной трансляции белков;
• Импорт аннотаций из файлов CSV;
• Редактор выравниваний: новые способы расчета консенсуса;
• Улучшение просмотрщика филогенетических деревьев: масштабирование, экспорт изображения в векторный формат;
• Конструктор схем: добавлена возможность вычисления схем на удаленной машине;
• Ферменты рестрикции: поддержка создания пользовательских баз в формате BAIROCH;
• И многое другое...

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".


25 Февраля, 2010: Стартовала серия обучающих видео по UGENE

Мы начинаем англоязычный видео-подкаст по UGENE на YouTube. В выпусках подкаста вы найдёте полезные обучающие видео по продукту и сможете ознакомиться с ответами на популярные вопросы пользователей (например, заданные на форуме UGENE).

Серия начинается с пяти видео-материалов, доступных на канале Unipro UGENE на YouTube. Их темами являются основа работы с последовательностями, аннотациями и квалификаторами и создание множественного выравнивания последовательностей.

Мы признательны за любые комментарии и предложения. Если вы хотите первыми и в высоком High Definition качестве знакомиться с выпусками подкаста о нашем биоинформационном инструменте, то кликните здесь, чтобы подписаться на RSS, или посетите страницу канала Unipro UGENE на YouTube и подпишитесь на канал с вашего аккаунта YouTube.

Также вы можете посмотреть все выпуски на нашей странице.


16 Февраля, 2010: Выпущен UGENE 1.6.1

Выпущена новая версия 1.6.1. Исправлен ряд критических ошибок и добавлены новые уникальные возможности.

Внимание! Перед уставновкой версии 1.6.1 рекомендуется деинсталлировать предыдущую версию UGENE.

Новые модули и возможности:

• KAlign: новый модуль для расчета множественного выравнивания, основанный на известном алгоритме; отличается высокой производительностью (работает даже быстрее чем MUSCLE!) и аккуратностью;
• Поддержка нового формата: GFF;
• Улучшение просмотрщика филогенетических деревьев: поддержка формата Newick;
• Модуль Phylip: поддержка опций при расчете матрицы дистанций;
• Поддержка прокси с аутентификацией.

Исправления:

• Алгоритм Смита-Ватермана работает корректно при вызове из графической оболочки;
• В модуле MUSCLE улучшено управление памятью;
• Исправлена ошибка с некорректным удалением документов из Project View;
• Улучшено распознавание форматов;
• и многое другое...

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".


22 Декабря, 2009: Выпущен UGENE 1.6.0

Выпущена долгожданная версия 1.6.0! Добавлены новые модули, реализовано много улучшений, исправлены ошибки.

Новые модули:

• Модуль Phylip для построения филогенетических деревьев. Основан на оригинальном пакете Phylip 3.6.

  • Использует алгоритм Neighbor Joining для построения деревьев;
  • Включены возможности по визуализации деревьев;
  • Интеграция с редактором множественных выравниваний.

• Поддержка распределенных вычислений в UGENE

  • Удаленное выполнение задач на сторонних комьютерах;
  • Запуск HMMER3, Smith-Waterman, MUSCLE на удаленных машинах.

Улучшения:

• Поиск тандемных повторов;
• Поддержка переносимости файла проекта;
• Экспорт проекта;
• Интеграция с удаленными базами данных: NCBI, PDB, Swiss Prot;
• Визуализация биополимеров: режим стерео просмотра;
• и многое, многое другое...

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".


06 октября 2009: Открыта русская версия сайта

Команда UGENE рада представить русскую версию нашего сайта. Добро пожаловать!


22 сентября 2009: Выпущен UGENE 1.5.2

Основные изменения в версии 1.5.2 — это новый функционал, большинство добавленных возможностей являются уникальными.

Новые модули:

• MUSCLE 4 - интеграция новейшего инструмента для множественного выравнивания, автор которого — Robert C. Edgar;
• Адаптер CUDA - технический модуль, позволяющий использовать для вычислений видеокарты с поддержкой CUDA (только для Windows).

• Пользователи Windows могут опробовать оптимизированный для CUDA алгоритм Смита-Ватермана;
• Добавлена одна из наиболее ожидаемых возможностей — редактирование последовательностей;
• Добавлена возможность экспорта аннотаций в CSV;
• HMM3 теперь поддерживает модели построенные с помощью HMM2;
• И многое другое. Полный список изменений доступен на соответствующей странице.

Мы рады сообщить о том, что пользователи компьютеров "Макинтош", основанных на процессоре Power, теперь могут пользоваться нашим продуктом "из коробки". Для этого нужно заглянуть на страницу "Файлы" и загрузить оттуда новый универсальный дистрибутив для Mac OS, который поддерживает как архитектуру x86, так и ppc.


17 июля 2009: Выпущен UGENE 1.5.1

UGENE v 1.5.1 исправляет ряд критических ошибок предыдущей версии и, в силу этого, рекомендуется к обязательной установке.

Перед установкой нового релиза необходимо полностью удалить все предыдущие версии программы.

Новые модули:

• BALL - добавляет новые типы молекулярных поверхностей в модуль просмотра трехмерных моделей UGENE;

• Добавлена возможность сохранения изображений множественного выравнивания и аннотированной последовательности (удобно для публикаций и печати);
• Исправлена критическая ошибка в congene;
• Исправлена критическая ошибка при попытке запуска HMM3 с моделями HMM2;
• Исправлена критическая ошибка при запуске нескольких задач Primer3 параллельно;
• Запрос к удаленным БД теперь стабилен на ОС Linux;
• Восстановлен пропавший алгоритм Смита-Ватермана;

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Как обычно, пакеты для Ubuntu появятся в течение нескольких следующих дней.


10 июля 2009: Выпущен UGENE 1.5

В долгожданную версию 1.5 входит четыре новых модуля и множество улучшений:

Новые модули:

• HMM3 - новейший набор инструментов для работы с HMM-профайлами основанный на HMMER3;
• Primer3 - интегрированный инструмент Primer3 для подбора ПЦР-праймеров;
• GOR IV и PSIPRED - модули предсказания вторичной структуры белков (документация уже доступна);
• congene - консольная версия UGENE, позволяющая запускать вычислительные схемы из командной строки;

• Значительное обновление модуля трехмерной визуализации — добавлен расчет молекулярных поверхностей (документация);
• Добавлена загрузка документов из баз данных PDB, Uniprot, Swissprot;
• Добавлена возможность создания нового документа;
• Улучшено редактирование аннотаций;
• Исправлены критические ошибки наведенные из Qt 4.5.0;
• В распараллеленный алгоритм MUSCLE внесены исправления, предотвращающие мертвую блокировку.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".


21 мая 2009: Выпущен UGENE 1.4.2

Улучшения и исправления ошибок:

• Теперь редактор множественного выравнивания поддерживает операции "Отменить" и "Повторить";
• Исправлено поведение поиска по множественному выравниванию в случае разного регистра текста;
• Добавлены новые фильтры в поиск SITECON;
• Добавлена поддержка файлов CLUSTAL X;
• Алгоритм Смита-Ватермана теперь работает еще более точно;
• Исправлены ошибки параллельного вычисления в MUSCLE;
• Исправлены некоторые ошибки совместимости с Qt 4.5.0;
• А также множество других улучшений и исправлений.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Бинарные пакеты для Ubuntu и Fedora будут обновлены на серверах этих проектов несколько позже.


13 мая 2009: UGENE представлен на конгрессе "Биотехнология 2009"

UGENE был представлен на пятом московском международном конгрессе "Биотехнология: состояние и перспективы развития и седьмой международной специализированной выставке "Biotech World' 2009".

Неделю спустя UGENE был представлен на конференции ПаВТ' 2009 ( сайт ) — международной конференции посвященной параллельным вычислениям. Конференция состоялась в Нижнем Новгороде.

Опубликованы следующие материалы:

Fursov, M. Y.; Oshchepkov, D. Y; Novikova, O. S. (2009). "UGENE: interactive computational schemes for genome analysis". Proceedings of the Fifth Moscow International Congress on Biotechnology 3: 14-15. ISBN 5-7237-0372-2.

Efremov, I. E.; Fursov, M. Y; Danilova, Yu. E. (2009). "UGENE: high performance genome analysis suite". Proceedings of the Fifth Moscow International Congress on Biotechnology 2: 405-406. ISBN 5-7237-0372-2.

Материалы конгресса: документ PDF.


7 мая 2009: UGENE стал частью Ubuntu Linux

UGENE стал частью недавно выпущенного дистрибутива Ubuntu Linux 9.04 (Jaunty Jackalope) .

Бинарные пакеты UGENE для нескольких поддерживаемых платформ доступны по ссылке. Отчеты об ошибках в пакетах можно публиковать используя Ubuntu LaunchPad

UGENE может быть установлен используя графический интерфейс менеджера пакетов, либо из консоли:

     sudo apt-get install ugene

Текущая версия, включенная в дистрибутив —1.3.3, версия 1.4.1 будет в скором времени доступна из backports.


25 марта 2009: Выпущен UGENE 1.4.1

Улучшения и исправления ошибок:

• Добавлена поддержка различных цветовых схем в редактор выравнивания;
• Добавлена блокировка камеры для нескольких трехмерных моделей;
• Просмотр последовательности оптимизирован для работы с гигантским количеством аннотаций (вплоть до 1 миллиона);
• Теперь аннотации могут быть подписаны как именем, так и значениями квалификаторов.
• Включен по умолчанию показ графиков качества хроматограммы для файлов ABIF;
• Исправлен ряд ошибок стабильности и совместимости в модулях BLAST, MUSCLE и HMMER;
• А также множество прочих улучшений и исправлений.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".


24 марта 2009: Открыт форум UGENE

Теперь наши пользователи могут задавать вопросы, запрашивать новый функционал и сообщать об ошибках используя публичный форум.

Добро пожаловать!


10 марта 2009: Выпущен UGENE v1.4

В версию 1.4 добавлены четыре новых модуля и множество улучшений производительности и исправлений ошибок.

Новые модули: поиск ферментов рестрикции, полная поддержка алгоритма Смита-Ватермана, поиск повторов, а также экспорт последовательностей.

Значительные улучшения интерфейса претерпели конструктор схем, окно проекта и окно просмотра последовательности.

Большинство вычислительных алгоритмов теперь могут работать в параллельном режиме. Модуль HMMER оптимизирован с использованием SSE2.

Модуль просмотра трехмерных моделей получил возможность экспорта изображений в векторный формат.
...

Полный список изменений может быть найден по ссылке.


02 февраля 2009: Выпущен UGENE v1.3.3

Улучшения и исправления ошибок:

• Исправлена наведенная из Qt 4.4 ошибка отображения трехмерных моделей на ОС Linux;
• Исправлена ошибка именования групп в случае вложенных групп;
• Форматы ABI и SCF теперь поддерживаются более полно;
• Отныне в именах аннотаций допускается использование символа 'z';
• Улучшена производительность отображения дерева аннотаций;
• Исправлен выбор региона для алгоритма SITECON;
• Исправлена критическая ошибка в конструкторе схем при запуске нескольких итераций;
• Теперь для коротких строк не содержащих символов 'U' и 'T' по умолчанию выбирается алфавит DNA вместо RNA;
• Теперь для форматов Genbank и FASTA допускаются символы табуляции;
• Бинарный пакет UGENE для дистрибутива Ubuntu разбит на две части в силу требований к пакетам попадающим в официальный репозиторий.

Улучшения и исправления ошибок:

• Исправлена ошибка не позволявшая открывать несколько окон на 64-битных системах;
• Исправлено аварийное завершение программы при открытии нескольких трехмерных моделей в одном окне;
• Исправлено аварийное завершение при открытии файла ABI с коротким именем сэмпла;
• Добавлен пункт меню "Проверить обновления";
• Исправлено аварийное завершение при выборе комплементарного стренда для протеиновых последовательностей в диалоге "Поиск подстрок";
• Исправлено ассоциирование объекта хроматограммы для форматов ABI и SCF;
• Исправлено автоопределение таблицы трансляции для формата PDB;
• Улучшен внешний вид надписей на ОС Linux и Mac OS;
• Улучшено поведение операции "Добавить объект в окно".

В версии 1.3.1 исправлен ряд ошибок найденных с момента выпуска предыдущей версии, а также внесены следующие изменения:

• Улучшено управление задачами и их описания в конструкторе схем;
• Улучшения интеграции MUSCLE: добавлены три конфигурации для выравнивания единичного профиля, выравнивания с другим выравниванием и быстрое выравнивание профиля с одной последовательностью.
• Исправлены ошибки сборки для 64-битных платформ;
• Улучшено логгирование большинства операций.
• Добавлена поддержка экспорта трехмерных изображений в форматы 'png', 'jpg' и 'tiff'.

Unipro UGENE v1.3 is является следующим минорным релизом продукта.
В новую версию включены три новых модуляBioStruct 3D, SITECON, и Workflow Designer, а также множество улучшений интерфейса и производительности для всех составляющих системы. Впервые выпускается пакет исходных кодов для всех поддерживаемых платформ.

Полный список изменений может быть найден по ссылке.


25 ноября 2008: Выпущен UGENE v1.2.2, теперь и для Linux

UGENE v1.2.2 является первым выпуском системы UGENE, включающим пакеты для Linux.
Мы выпускаем готовые пакеты для дистрибутива Fedora для платформ IA32 и IBM Cell.

Изменения в новой версии:
Оптимизация для процессора Cell внедрена в модуль HMMER.
Исправлено аварийное завершение программы при использовании модуля "Remote Request" с открытым окном задач.


31 октября 2008: Выпущен UGENE v1.2.1

UGENE v1.2.1 исправляет ошибки предыдущей версии. Новый релиз включает исправления ошибок стабильности и совместимости.
Из значительных улучшений — исправлено поведение модуля HMMER при параллельном запуске нескольких задач.


20 октября 2008: Команда UGENE приняла участие в конференции "Молекулярная онкология".

Постерная и компьютерная демонстрации "New multitasking software system for real-time analysis of genomic sequences" посвященные использованию UGENE и перспективам проекта были показаны на конференции "Молекулярная онкология".

Конференция была организована в Новосибирске Сибирским отделением РАМН. Сайт конференции.


September 19, 2008: Выпущен UGENE v1.2.0

Unipro UGENE v1.2 является следующим минорным релизом продукта.
Новая версия влючает несколько новых модулей, поддержку платформы MacOS X и множество улучшений производительности и интерфейса.

Полный список изменений может быть найден по ссылке.


August 19, 2008: Выпущен UGENE v1.1.1

Цель релиза UGENE v1.1.1 — исправление ошибок. Новая версия включает ряд улучшений производительности, стабильности и совместимости выявленных с момент выпуска 1.1.0 в июле этого года.


22 июля 2008: Унипро выпускает UGENE v1.1
В новую версию интегрирован пакет HMMER, внедрена прозрачная поддержка сжатых документов и добавлено множестве улучшений интерфейса и производительности.

Полный список изменений может быть найден по ссылке.


23 июня 2008: Конференция BGRS 2008

Команда Unipro UGENE приняла участие в "Шестой Международной Конференции по Биоинформатике Регуляции и Структуры Генома" (BGRS'2008) с компьютерной демонстрацией в секции "Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике".


17 июня 2008:Выпущена первая версия Unipro UGENE

Мы рады объявить о выпуске первой версии проекта Unipro uGENE для операционных систем Solaris и Windows.
Соответствующий пакет может быть выбран в разделе "Файлы".